In het Zijper Museum wordt met name de unieke onststaansgeschiedenis van de Zijper polder benadrukt. Met moderne middelen wordt het verhaal van deze polder en zijn bewoners in beeld gebracht.
De landelijk bekende Niestadt-fotocollectie van het museum geeft een uniek tijdsbeeld van de periode 1940-1980.
Wisselexposities en gastexposities met regionale kunst en uit privécollecties completeren het museale aanbod.
Het museum is ondergebracht in een voormalig kantoorpand.
In de periode 2016-2018 is als eerste het interieur ingrijpend gewijzigd, inmiddels is ook de buitenzijde verfraaid. De Ontvangstruimte dient nu in lijn met interieur en buitenzijde te worden aangepakt.